La historia de Uquía se remonta a la época precolombina, cuando la región estaba habitada por comunidades indígenas que dejaron su huella en forma de petroglifos y pinturas rupestres.
Durante la colonización española, Uquía adquirió importancia estratégica como punto de paso en el camino hacia el Alto Perú (actual Bolivia).
Fue fundada como una reducción jesuita en el siglo XVII, con el objetivo de evangelizar a la población indígena y establecer un centro de enseñanza.
En el siglo XVIII, la Iglesia de San Francisco de Paula fue construida en Uquía. Esta iglesia es famosa por sus murales coloniales, pintados por el artista indígena Francisco Tito Yupanqui. Estas pinturas son una muestra única de la fusión de las tradiciones artísticas indígenas y la influencia europea.
Durante la época de la independencia, Uquía tuvo un papel relevante en la lucha por la liberación de Argentina. En sus alrededores se llevaron a cabo batallas y enfrentamientos entre las fuerzas realistas y los patriotas, que buscaban la emancipación del dominio español.
En tiempos más recientes, Uquía se ha convertido en un importante destino turístico debido a su riqueza histórica y cultural. Los murales de la Iglesia de San Francisco de Paula son una atracción destacada que atrae a visitantes de todo el mundo interesados en apreciar el arte y la historia.